Das Milchsystem von Kaffeevollautomaten ist besonders anfällig, da nach der Zubereitung von Cappuccino oder ähnlichen Milchmixgetränken oft Milchreste in der Maschine zurückbleiben. Um die Bildung unerwünschter Ökosysteme zu vermeiden, ist es ratsam, das Milchsystem täglich zu reinigen und regelmäßig die Milchschläuche auszutauschen.